A San Damiano-templom és kolostor Assisi központjának közvetlen közelében található. A komplexum eredetileg Bencés papság volt, amelynek feljegyzései 1030-ig nyúlnak vissza. A templomot egy kápolnán keresztül éred el: jobbra Madonna és Child, Ss - sel. Francis, Clare, Bernardino és Jerome, egy helyi festő freskója a tizennegyedik század közepétől. A templomnak egyetlen hajója van, ogival hordóboltozatokkal és mély kórussal. Közvetlenül a bejárattól jobbra található az ablak, ahonnan Szent Ferenc eldobta a San Damiano pap által elutasított pénzt a templom helyreállítására. A falak mentén láthatók a polikróm keretekkel határolt vakolatmaradványok, amelyeket soha nem készített freskókhoz készítettek. Az 1535-ben hozzáadott kápolnában egy fából készült feszület található (Krisztus arckifejezése a nézőponttól függően változik), amelyet fra Innocenzo da Palermo faragott 1637-ben. A főoltárnál található a feszület másolata, amely beszélt Szent Ferenc (az eredetit a Santa Chiara bazilika). Az 1504-es fakórus részben egy kis ablakot fed le, amelyen keresztül a szegény Clares kommunikált, és amely előtt Szent Ferenc testét vitték a Porziuncolából Assisibe. Belépve a jobb oldali előcsarnokba, amely alatt Saint Clare négy társát eltemették, eléri a sekrestyét. Balra egy egyszerű kórus található, ahol Saint Clare előadóját is megtalálja. Az oltárnál van keresztre feszítés, Pier Antonio mezzastris freskója 1482-ből. Balra egy kis kamra látható, ahol a hagyomány szerint Francis menedéket kapott apja elől. Visszatérve az előcsarnokba, felmászik néhány lépésre, jobbra hagyva a Giardinetto di Santa Chiara-n (Saint Clare kertje), egy kis teraszon, ahonnan kilátás nyílik az alábbi síkságra. Ehelyett megy le a kolostorba, akkor megcsodálhatja a két sarokfalak, freskók Eusebio da San Giorgio (1507), Szent Ferenc megkapta a stigmák és az Angyali üdvözlet. Ezután eléri a téglalap alakú refektóriumot, alacsony mennyezettel, hasonlóan a kriptához, eredeti padjaival és asztalaival: egy kereszt és egy virágváza jelzi a Saint Clare által elfoglalt helyet.