Anerkendt som et UNESCOs verdensarvssted blev basilica of St. Francis bygget under ledelse af bror Elias, generalvikar og ordenens arkitekt, der startede i 1228, kun to år efter helgenens død, som et sted designet til at modtage hans rester. Den første sten var den 17. Juli 1228, dagen efter kanoniseringen af St. Francis, på det sted, der tidligere blev brugt til henrettelser og begravelser af kriminelle. Ifølge traditionen angav Francis selv på sit dødsleje dette sted for sine ledsagere som stedet for hans begravelse. Udvendig Det ydre af basilikaen har åbenlyse henvisninger til den franske gotiske i den skyhøje facade og den toparts døråbning, lettet af de vandrette beslag og rosenvindue med et typisk umbrisk udseende og med et tungt, bredt struktureret klokketårn. Overfladerne er alle i sten fra Mt. Subasio, som har en lyserød farve i løbet af dagen og skinner hvidt i måneskin. Nedre kirke Besøgende kommer ind i den nedre Basilika fra siden, gennem en dobbelt 13. c.døråbning overvundet af et Renæssanceprothyrum. Interiøret har et enkelt skib, opdelt i fem bugter med lave arkader, med sidekapeller fra slutningen af det 13.århundrede. I den første bugt, ved indgangen, to store 14. c. Gotiske grave vises, og mellem dem en prædikestol med en 13.c. base, med bageste Tilføjelser og omarbejdning. Overfor indgangen er kapellet St. Catherine, eller af krucifikset, dekoreret med en cyklus af fresker af Bolognese Andrea Bartoli (1368) og lyset af mullioned 14. c.vinduer. Det polykrome trækorsfiks på alteret dateres til slutningen af det femtende århundrede. Skibets vægge bærer resterne af fresker med scener fra Kristi lidenskab (til højre) og historier fra St. Francis liv (til venstre) af den såkaldte Master of St. Francis (omkring 1253). Nær slutningen af venstre væg, i en niche over en gotisk dais, er en fresco af kroningen af Jomfruen af Puccio Capanna (14. c.). Midt i skibet fører en trappe ned til krypten; bag alteret er urnen, der indeholder resterne af helgenen, beskyttet af en jernrist. Vender tilbage til kirken, kapellet i Magdalene bevarer dyrebare freskomalerier (fra omkring 1314), der skildrer historier om Maria Magdalene og de hellige, tilskrevet skolen i Giotto, og måske inklusive noget maleri af mesterens hånd. Det første kapel til venstre viser episoder fra Saint Martins liv, af Simone Martini (1312-1320). I vault crossing, over Det Gotiske alter, er andre fresker tilskrevet Giottos assistenter, herunder Maestro delle Vele (mester i Assisi-hvælvingerne). Væggene og tøndehvelvet på højre transept bevarer fresker af School of Giotto og en Madonna Tronet med engle og St. Francis, en stor komposition af Cimabue, som er delvist reduceret. På den nærliggende mur i slutningen er fem figurer af helgener, tilskrevet Simone Martini. Kapellet St. Nicholas er også dekoreret med fresker fra skolen Giotto (1300 til 1310), muligvis henrettet med hjælp fra mesteren selv og repræsenterer historier om den helgen. I en niche over alteret er den gotiske grav Giovanni Gaetano Orsini af en ukendt umbrisk mester. På væggene og på hvælvet til venstre transept kan besøgende beundre cyklussen for Kristi lidenskab og en Madonna og hellige af Pietro Lorentetti og hans værksted (1315-20), blandt andre malerier. Øvre kirke Hvis den højtidelige og mørke nedre basilika inviterer til Bod og stilhed, stiger den øverste kirke op i himlen, luftig og lys. I gotisk stil med fransk indflydelse har skibet fire bugter, kryds hvælvingog en polygonal transept og apsis. Transeptet er vidunderligt dekoreret med fresker af Cimabue, med den berømte korsfæstelse, scener af apokalypsen og historier om St. Peter. Startet i 1277 er cyklussen blevet beskadiget af ændringer, hvor farven hvid har fået en mørk tone, hvilket giver nogle billeder et udseende af fotografiske negativer. Cimabue og hans assistenter malede også de fire evangelister i loftet over Det Gotiske højalter og freskerne med historier om Mary på væggene. I den øverste del af skibet er der en cyklus af freskomalerier med historier om det nye og Det Gamle Testamente, menes at være dels værket af malere fra den romerske skole og dels af tilhængere af Cimabue. Rummet i de fortællende scener er ispedd vinduer prydet med middelalderlige farvede glasvinduer, der på trods af genopbygningen udgør et af de mest komplette sådanne sæt i Italien. Den nederste del af skibets vægge er dekoreret med den berømte fresco-cyklus designet af Giotto, der overvågede færdiggørelsen af andre hænder. Cyklussen indeholder scener fra St. Francis liv, fra hans ungdom gennem døden og til postume mirakler tilskrevet ham, indrammet af malet arkitektur, der skildrer søjler og parenteser.