Църквата и манастирът Сан Дамиано са точно извън центъра на Асизи. Първоначално комплексът е бенедиктински Приорат, записите за който датират от 1030 г. Стигате до църквата през параклис: вдясно ще намерите Мадона и Младенеца, с СС. Франсис, Клеър, Бернардино и Жером, фреска от местен художник от средата на четиринадесети век. Църквата има един кораб, с огивални бъчви и дълбок хор. Веднага вдясно от входа е прозорецът, от който Свети Франциск хвърлил парите, отказани от свещеника на Сан Дамиано за възстановяването на църквата. По стените могат да се видят останки от мазилки, граничещи с полихромни рамки, подготвени за стенописи, които никога не са били правени. В параклиса, който е добавен през 1535 г., има дървено разпятие (изражението на лицето на Христос се променя в зависимост от гледната точка), издълбано от Фра Иноченцо да Палермо през 1637 г. На главния олтар има копие на разпятието, което говори на Свети Франциск (оригиналът се пази в базиликата Санта Киара). Дървеният хор от 1504 г.частично покрива малък прозорец, през който светците общуват и пред който тялото на Свети Франциск е пренесено от Порциункола в Асизи. Влизайки в предверието вдясно, под което са погребани четирима от другарите на Сен Клер, стигате до ризницата. Вляво е прост хор, където ще намерите и катедрата на Сейнт Клеър. На олтара е разпятието, фреска от Пиер Антонио Мецастрис от 1482 г. Вляво можете да видите малка зала, където според традицията Франциск е потърсил убежище от баща си. Връщайки се във вестибюла, изкачвате няколко стъпала, оставяйки вдясно през Джардинето ди Санта Киара (градината на Сейнт Клеър), малка тераса с изглед към равнината по-долу. Вместо това, слизайки в обителта, можете да се насладите на двете ъглови стени, стенописи от Еузебио Да Сан Джорджо (1507), Свети Франциск, получаващ стигмата и Благовещението. След това стигате до правоъгълната трапезария, с ниски тавани, подобни на крипта, с оригиналните си пейки и маси: кръст и ваза с цветя маркират мястото, което някога е заемало света Клара.